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  • GGA(Genomatix Genome Analyzer )
  • オンプレミス次世代シーケンサーデータ(NGS)解析システム
    GGA(Genomatix Genome Analyzer)

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GenomatixSuite無償トライアル

製品概要

次世代シーケンサー データ解析システム

高速シーケンサーから得られる巨大なデータをストレス無く、高速にデータ解析するシステムです。この2製品を組み合わせて利用することで、タグのマッピングなどの基礎解析から、Genotype解析、トランスクリプトーム、制御因子解析、エピジェネティクス解析などの、二次解析まで様々な解析が可能です。 Genomatix Genome Analyzerは大量の配列情報から生物学的メカニズム解析が簡単に行えるシステムです。

Genomatix Genome Analyzerの特長

  • シーケンスデータの高速クラスタリング機能
  • 転写因子結合サイト及び制御領域の予測を含む解析
  • 生物種間の比較ゲノム解析
  • 配列データの視覚化・既存アノテーションとの比較
  • 配列データのNormalizationによるトランスクリプト発現定量化
  • ウェブブラウザとコマンドライン両方の使用が可能
次世代シーケンサーデータ解析の流れ

トランスクリプトーム、Genotype、ChIP-Seqなど、次世代シーケンサーのあらゆる解析が可能です。

次世代シーケンサーデータ解析の流れ

トランスクリプトーム解析

トランスクリプトの発現定量:
クラスタリング結果から遺伝子名、トランスクリプト、発現量のリストが得られます。
GO解析、Tissue解析も可能です。
スプライシングバリアント解析・新規トランスクリプトの同定:
既存アノテーションで、イントロンや、intergenicな領域に位置するクラスタから新規トランスクリプト・バリアントの候補が検出できます。
複数の公共DBや、独自に計算、キュレーションしたトランスクリプト、プロモーター、転写開始点の豊富なアノテーションに対して、解析を行います。
シーケンスデータの視覚化 トランスクリプト毎に参照可能 マップされたリード数が視覚的に参照可能
シーケンスデータの視覚化
トランスクリプト毎に参照可能
マップされたリード数が視覚的に参照可能
新規バリアント候補の検出 新規エクソンジャンクションにマップされたリードから新規スプライシングバリアント候補が参照可能
新規バリアント候補の検出
新規エクソンジャンクションにマップされたリードから新規スプライシングバリアント候補が参照可能

ChIP-Seq解析

転写制御因子解析:
独自に作成した転写因子結合(TFB)サイトのライブラリの使用や、生物種間比較解析を行うことで、False Positiveを減らし特長的なTFBサイトを検索できます。
転写因子結合サイトの新規同定:
クラスタリング結果をアライメントし、転写因子結合モチーフを検索できます。
解析配列数に制限が無いため、大量配列にもご利用いただけます。
エピジェネティクス解析:
クラスタリング結果と転写開始点など既存アノテーションとのcorrelation解析を 行います。実験データ間のcorrelation解析も可能です。
図:Correlation解析結果
図:Correlation解析結果

Genotype解析

新規SNPsの同定:
マッピング結果から既存SNPsと新規SNPs候補の判別が簡単に行えます。
関連SNPsの同定:
SNPsの転写因子結合サイトへの影響、アミノ酸の置換を参照、予測します。
既存SNPsがヒットした場合、dbSNPのIDが表示されます。 IDが無い場合は新規SNPの候補と考えられます。
既存SNPsがヒットした場合、dbSNPのIDが表示されます。
IDが無い場合は新規SNPの候補と考えられます。
SNPsの影響をテーブルで表示
SNPsの影響をテーブルで表示

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