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PipelinePilot開発サービスおよびバージョンアップ支援

クラウド型電子実験ノート(BIOVIA Notebook Cloud)

近年の製薬始め化学・食品・農薬・化粧品・試薬メーカーなどのライフサイエンス企業では、研究情報の多様化や業務プロセスの複雑化が加速しています。また、毎年薬機法指定薬物(所持・製造禁止)の追加指定の頻度が増すなど、法規制の厳正化に対応するコンプライアンスの重要性もますます高まっています。
こうした課題に対し、CTCは、BIOVIA社サイエンティフィック・、サイエンティフィック・ワークフロー・オーサリング・アプリケーション「BIOVIA PipelinePilot」を中心としたシステム構築により、お客様の抱える様々な課題を解決に導きます。

関連ニュース

概要

創薬研究開発業務におけるPipelinePilotの想定利用シーン

プロトコル開発サービス例

BIOVIA PipelinePilotはデータの計算・解析やレポート作成など複数の処理を繋ぎ合わせてワークフロー化することで、一連の業務を自動化します。

以下に、主な業務アプリケーションの例を挙げました。

  1. 社内業務アプリケーション:各種システム間を連携させる
  2. システム管理者向けデータ抽出モニタリングツール:各種研究情報を統合したデータベースへのデータ登録
  3. 研究データを検索・解析するツール:化合物と評価情報との相関関係などの分析
  4. 解析結果や治験を登録・管理するツール:解析のベストプラクティスや新しい知見の共有

研究所全体で導入する企業も増えている一方で、現場では研究者や情報システム管理者によるBIOVIA PipelinePilotのプロトコル開発に掛かる作業量が増大しており、負荷軽減が求められている!!

創薬研究へのアプリケーション

製薬企業の創薬研究のスタンダード

BIOVIA Pipeline Pilotは過去10年以上、製薬企業の創薬研究の第一線で使われてきました。
製品の信頼性も高く、近年では高い信頼性が要求される医薬品製造や開発分野でも使われています。

ベイズモデルによる大量データから有用な要素を瞬時に抽出

  • 数百万の化学構造式からベイズモデルを作成し、特徴的な部分構造を抽出
  • 新しいデータが来ても常に最新もモデルが作成できるため、動的に変化するデータから有用な要素を瞬時に抽出(化学構造式を数値化するFingerprint技術を利用)

測定機器から出力されるデータの自動処理

  • マイクロプレートリーダー、LC/MS、NMRなど様々な種類の測定機器から出力されるRawファイルの入力・処理・出力を自動実行可能
  • 一度データ処理フローを組んでしまえば、後は定期実行するだけで結果を出力

特許や論文、Twitterなどの文字データからのマイニング

  • US Patents や PubMedなど公共のデータベースにオンラインでアクセスし、論文や特許を収集
  • その後、単語やその派生語の出現頻度から年度別の流行や、共起を計算し有用な知見を可視化

画像処理の定形フローをコンポーネント化

  • 画像処理に必要な機能をコンポーネント化し、BIOVIA Pipeline Pilot特有のデータ処理フローを活用しながら画像処理を実現

コンポーネントコレクション

全般
製品名 BIOVIA Foundation
BIOVIA Pipeline Pilot
業務 全般
概要 OracleなどODBC/JDBCで接続可能なSQLデータベース、MongoDB、CSV、XML、Excelなどのファイルからデータの抽出・加工・出力(ETL)やサイエンティフィックな計算エンジンを搭載したサーバ機能の提供が可能です。処理フロー(プロトコル)をPipeline Pilotで構築し、Pipeline Pilot、Web Portなどの専用クライアントから実行、もしくはSOAP/RESTといったWebサービス、Java/JavaScript/.NETのAPI、コマンドラインを介して他のアプリケーションからシームレスに実行が可能となります。
製品名 BIOVIA Pipeline Pilot
業務 全般
概要 アイコン(コンポーネント)を並べるだけで、視覚的にデータの収集・処理・出力を可能にした、ビジュアルプログラミング・ソフトウェアです。研究活動で生じるデータ(数字、文字、化合物、機器データ、配列、NGSなど)を、簡単に収集処理を行い、WebページやPDF、Officeドキュメント(Word、Excel、PowerPoint)でレポート出力できます。日常の繰り返し作業を自動化することで、大幅な時間短縮を実現します。プログラミングが不要なので、IT開発者でなくても様々な処理が構築可能です。
製品名 Reporting Collection
業務 全般
概要 データ分析やマイニングなど結果をまとめてレポート作成できます。
製品名 Pipette Analysis
業務 全般
概要 ラッグ・アンド・ドロップだけで、化合物、アッセイデータ、画像など様々な研究データに対して処理、フィルタ、可視化を実現できます。
Chemistry
製品名 Chemistry Collection
業務 合成
概要 部分構造や類似性の検索、MatchedMolecular Pairs(MMP)の算出、SARテーブルの作成、ライブラリデザイン、記述子やフィンガープリント(ECFP/FCFP)を使ったフィルタなどを高速に行い、数千万件の化合物セットから目的の化合物の抽出を短時間で処理が可能となります。
製品名 Cheminformatics Collection
業務 合成
概要 データベース検索とヒットリスト管理機能を提供するDatabase Searchと、化学構造データをOracleデータベースで保存・検索する高性能データカートリッジであるBIOVIA Directの2つのシステムで構成されています。これらの強力なシステムによってBIOVIA Pipeline Pilot の機能は拡張され、さまざまな社内のケムインフォマティクス・アプリケーションを構築するための強固な土台を提供します。
製品名 ChemMining Collection
業務 合成
概要 科学的な知識に基づいて公開文書や内部文書をテキストマイニングでき、構造の詳細について調査が可能です。このため、時間の節約が図れ、知的所有権(IP)の状況を調査して重複した研究の回避ができます。
製品名 ADMET Collection
業務 ADMET
概要 溶解性をはじめCYP2D6や膜タンパク結合性、30を超す毒性予測の計算モデル(TOPKAT)を含み、創薬段階の合成候補化合物の最適化や、ベンダーライブラリに含まれる大量の化合物からの有用化合物のスクリーニングに利用できます。
Biology
製品名 Gene Expression and Mass Spec for Proteomics Collection
業務 バイオインフォ
概要 個別の標的遺伝子を含む遺伝子発現実験の処理、解析、可視化、アノテーション、およびレポート作成を行うことができます。中心となる機能は、ゲノムデータの解析と把握を行うオープンソースであるBioConductorを基盤にしています。
製品名 Gene Expression and Mass Spec for Proteomics Collection
業務 バイオインフォ
概要 マイクロアレイなどの遺伝子発現データの解析や、LC/MSなどのデータを収集処理し可視化します、R BioConductorの機能をコンポーネント化し、大量のマイクロアレイデータの自動処理が可能となります。大量のスペクトルデータからの特定スキャンの抽出やピークの判定、XCMS、X! Tandemをコンポーネントから実行しペプチドの特定も可能です。
製品名 Next Generation Sequencing
業務 バイオインフォ
概要 Illumina、Ion Torrent、SOLiDなどの次世代シーケンサ(NGS)からのデータを入力し、BWA、Bowtie、Mapreadsなどのアラインメントツールの実行、SNP、コピー数多型、RNA-Seq、ChIP-Seqなど様々な分析がコンポーネントから実行します。
製品名 Imaging Collection
業務 病理/HCS
概要 画像処理のためのコンポーネント一式を提供し、幅広いフォーマット(BMP/JPG/TIFF/RAW/DICOM)に対応した画像の入出力、分析(統計処理、学習モデルなど)が可能です。Webベースのインタラクティブなツールをコンポーネント化しており、幅広いユーザ層向けに解析手法を公開・共有できます。
製品名 Sequence Analysis Collection
業務 バイオインフォ
概要 塩基配列、アミノ酸配列の解析やアノテーションをするバイオインフォマティックス向けのコンポーネントを提供しています。各種配列を入出力すためのReader/Writer、表示するためのViewer、ローカルやオンラインでBLASTを実行、EBIやEntrezに接続するためのコンポーネントを実装しています。
Analysis & Statistics
製品名 Data Modeling Collection
Advanced Data Modeling Collection
業務 全般
概要 データセットにGood/Badのラベルをつけるだけで、文書なら単語、化合物なら部分構造の出現頻度からベイズ学習モデルを構築、新規データを入力すると分類予測が瞬時で可能になります。他にも部分最小二乗法(PLS)、主成分分析(PCA)、決定木(Recursive Partitioning)、遺伝的アルゴリズムを使った数式最適化(GFA)、クラスタリングを提供しています。統計ソフトRに特化したコンポーネントも多数搭載しています。
製品名 R Statistics Collection
業務 全般
概要 Rによるクラスタリング等のデータ解析や、統計モデル構築などの統計手法を実装したコンポーネントが利用可能です。基盤となる統計エンジンは、広く使用されているオープンソースパッケージであるRであり、このコレクションを使用すると、Rの統計分析とデータ操作のメソッドをBIOVIA Pipeline Pilot のデータストリームに適用できるようになります。
Document Search & Analysis
製品名 Documents and Text User Collection
業務 全般
概要 様々なデータソース(ローカル、FTP、HTTP)からのPDF、Word、PowerPointなどドキュメントの収集(Webクローリングも可)、情報の抽出、文書の数値化やパターン検出、トレンドや相関性・分類・クラスタリングが可能です。文書からの化合物名の特定を実装し、Chemistry CollectionのName to Structureと組み合わせることで、文書と化合物構造の紐付けも実現します。
製品名 Thomson Reuters Cortellis Collection
業務 臨床・営業・マーケなど
概要 トムソン・ロイターが提供する Cortellis API を利用(別途ライセンスが必要)し、通常のWeb画面から手入力で実行している検索をコンポーネントから自動実行します。競合他社情報、低分子やバイオロジクスの特許情報、臨床試験の情報などを定期的に自動取得、更新分データの把握に活用可能です。
製品名 Text Analytics Collection
業務 全般
概要 PubMed、パテント、NIHグラント、Google、あるいはローカルファイルの検索が可能です。語句、分野、類義語、ワイルドカードでの一致検索を単一のクエリー言語で実行できます。文書とオンライン文献の間にあるキーコンセプトあるいは相関性を見出すことができます。オンライン文献からのアノテーションや関連付けを、既存のChemistryやBioinformaticsのプロトコルに対して加えることが簡単にできます。新しいトレンド/相関性の発見、パテントの解析などを行い、また見出した傾向のトラッキングも可能です。
Laboratory
製品名 Lab Analytics Collection
業務 薬理・分析
概要 マイクロプレートリーダからの出力ファイルを読み込み、プレートデータとして統計演算、Dose-Responseの計算、計算結果の表示が可能です。粉末X線、NMRなどスペクトルデータを入力し、ピークの判定や面積の計算、波形の類似度からクラスタリングなどを実行します。
製品名 Analytical Instrumentation Collection
業務 分析
概要 ANALYTICAL INSTRUMENTATIONのコンポーネント読み取りおよび書き込み: このコレクションで は、JCAMPDX、SPC、RheoML、AnIML.といったオープンスタンダードをサポートしています。また、ブルカーNMRやバリアンNMRといった、装置固有のデータ形式を読み取ることもできます。スペクトルはJCAMP-DXまたはXMLベースの形式で保存できます。

技術支援サービス

CTCは、研究者の業務効率化の促進と、負荷軽減を支援する、BIOVIA PipelinePilotの技術支援サービスを提供しています。

1.プロトコル開発サービス

BIOVIA PipelinePilotプロトコル開発サービスでは、新規プロトコルのプログラム開発を行います。その際に、要求仕様書や操作マニュアルなど付随するドキュメント一式もご提供しています。

また、お客様が運用でお使いになられている既存プロトコルに対しても、新規機能の追加や例外処理、不具合処理など複雑なプログラム実装・修正作業にも対応します。

※但し、開発時のBIOVIA PipelinePilotバージョンや保管されている作業記録の状態を確認させて頂いた上で、弊社で対応が可能かどうかについて最終的に判断させていただきます。先ずは、ご相談ください。

  • メリット
  • プロトコル開発を外部委託により、プロトコルの要件や仕様がドキュメント化され、次回の開発がスムーズに行える!
  • 既存のプロトコルが最適化される!
■ PipelinePilotプロトコル開発および文書の作成
サービス 新規プロトコル開発 既存プロトコル最適化
作業概要
  • プロトコル設計(必要に応じてプロトタイプを作成)
  • PipelinePilotプロトコル開発
  • DBオブジェクト作成SQL(必要に応じて)
  • 単体テスト、システムテスト
  • 設置手順書作成
  • 操作マニュアル作成
  • 最適化に向けた調査および報告書作成
  • 要求仕様書、設計書作成 (必要に応じて)
  • 例外処理や不具合修正等のプログラム実装作業
  • 単体テスト、システムテスト
期間(目安) 3週間~2か月
※プロトコル規模により増減
2週間~2か月
※プロトコル規模により増減
成果物例
  • 要求仕様書
  • 設計書
  • PPプロトコル
  • テスト結果報告書
  • 設置手順書
  • 操作マニュアル
  • 調査報告書
  • 要求仕様書
  • 設計書
  • PPプロトコル
  • テスト結果報告書
  • 設置手順書
  • 操作マニュアル
  • 最終報告書

対応可能なPipelinePilotバージョン:8.5、9.0、9.1、9.2、9.5
※作業範囲、作業手順、成果物はご相談により対応いたします。

  • ※ご提供が難しいサービス
  • Data Modeling(統計解析, 学習モデル)、Imaging(解析)、Discovery Studio連携
  • 文書が無い既存プロトコルの一括請負での改修

詳細につきましては、お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

2.バージョンアップ支援

バージョンアップ支援サービスでは、BIOVIA PipelinePilotのバージョンアップだけでなく、バージョンアップしたBIOVIA PipelinePilotが既存の利用環境において正しく動作するか、サーバー・OS・Internet Explorer(IE)の観点から検証も行います。

また、既存BIOVIA PipelinePilotプロトコルを新しい利用環境に移行した場合の動作検証や、BIOVIA PipelinePilotのバージョンアップにより必要となったプロトコル改修作業にも対応可能です。

詳細につきましては、お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

Step フェーズ 作業概要 期間(目安) 成果物例
1 既存環境調査
  • プロトコル数や使用コンポーネントの確認
  • ドキュメント類の確認
  • サーバ/OS/IE環境等の確認
2日~2週間 ・既存環境調査報告書
※メール報告による代替の場合あり
2 プロトコル移行検証
  • 新環境構築
  • プロトコルの移行/実行テスト
  • 問題個所の明確化
  • 不具合修正のためのプラン提示
2週間~2か月
  • 移行検証報告書
  • 不具合修正プラン
3 プロトコル改修
  • プロトコル修正
  • テスト
  • 最終報告
2週間~
※修正プロトコル数により増減
  • 修正プロトコル
  • 最終報告書

対応可能なPipelinePilotバージョン:8.5、9.0、9.1、9.2、9.5
※作業範囲、作業手順、成果物はご相談により対応いたします。

ソリューション製品群

BIOVIA PipelinePilot

BIOVIA PipelinePilot サイエンティフィック・ワークフロー・オーサリングツール

データの計算・解析やレポート作成など複数の処理を繋ぎ合わせてワークフロー化することで、一連の業務を自動化するツールです。また、研究情報を統合したデータベースへのデータ登録や各種システム間の連携にも利用可能です。

RegSys

法規制チェック化合物チェック支援システム

規制化合物の構造式情報が辞書として搭載するシステム。構造式を用いて法規制に該当するかどうかを簡単にチェックできます。

RAKTIS

試薬管理システム

試薬の在庫情報以外に、組成構造の情報や、規制法令の情報も管理可能なシステムです。化学系試薬のみならず生物系試薬の管理にも適します。

BIOVIA Workbook

BIOVIA Workbook 電子実験ノートシステム

複数の研究分野で使用可能なエンタープライズ向けの 電子実験ノート(ELN)システムです。特に化学構造式のハンドリングに強みを持ち、様々なシステムと連携が可能です。

BIOVIA Chemical Registration

BIOVIA Chemical Registration 化合物登録システム

自社合成化合物やバッチのデータベースの作成、管理、検索が可能な、柔軟かつ豊富な機能を備えたすぐに使用できるソリューションです。

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